অভিযান শেষে ফেরার পথে দলটি আবারও সশস্ত্র জলদস্যুদের অতর্কিত আক্রমণের শিকার হয়। ওই সংকটময় মুহূর্তে নিজের জীবন রক্ষায় নদীতে ঝাঁপ দিয়ে সরে যাওয়ার সুযোগ থাকলেও তিনি দায়িত্বের স্থান ত্যাগ করেননি। বরং জীবনের ঝুঁকি নিয়ে আক্রমণকারীদের মোকাবিলা করেন এবং জলদস্যুদের বিরুদ্ধে বীরত্বপূর্ণ প্রতিরোধ গড়ে তোলেন। দায়িত্ব পালন করতে গিয়ে শেষ পর্যন্ত তিনি শাহাদাতবরণ করেন।
২০০৬ সালের ৪ ডিসেম্বর মোংলার পশুর নদী থেকে তাঁর মরদেহ উদ্ধার করা হয়। পরে পূর্ণ সামরিক মর্যাদায় নিজ গ্রামের পারিবারিক কবরস্থানে তাঁকে দাফন করা হয়।
এম. হুমায়ুন কবিরের এই আত্মত্যাগ বাংলাদেশ নৌবাহিনী ও কোস্ট গার্ডের ইতিহাসে স্মরণীয় হয়ে থাকবে। তাঁর বীরত্ব ও দেশপ্রেমের স্বীকৃতিস্বরূপ তাঁর নামে কোস্ট গার্ডের জাহাজের নামকরণ করা হয়েছে।
মৃত্যুকালে তিনি স্ত্রী সারমিন আক্তার এবং দুই পুত্র শাইয়িন কবির ও সাকিবুল কবিরসহ অসংখ্য গুণগ্রাহী রেখে যান। তাঁর স্ত্রী প্রথমে গৃহিণী হিসেবে সংসারের দায়িত্ব পালন করলেও পরবর্তীতে বিএনএস উপশমে ক্যাজুয়াল মিডওয়াইফ হিসেবে কর্মরত আছেন।